土壤的组成大致分为三部分：矿物质、有机质和微生物，其中土壤微生物的活性是影响植物根部营养的重要因素。土壤中的有益微生物直接参与土壤肥力的形成，包括物质和能量的转化、腐殖质的形成和分解、养分的释放、氮素的固定等等。但随着社会经济发展，各种化学肥料和农药的大量施用已严重破坏土壤微生态平衡，自然状态下有益微生物数量不够，作用力也有限。因此，人为向土壤中增加有益微生物数量，就能够增强土壤中微生物的数量和整体活性，从而明显提高土壤的肥力。

    微生物肥料又不同于一般肥料，因其微生物菌种的特殊性，因此施用时应注意以下几点：

    施用酵素菌肥的最佳温度是25-37摄氏度，低于5摄氏度，高于45摄氏度，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握酵素菌最适温度土壤的含水量是60%-70%。

酵素菌肥不是速效肥，不能盲目追求短期效果，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施用，效果最佳。

     不应将酵素菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。